みなさまをお迎えするのは茂木本家の蔵やシマサルスベリの木が見える「自然の窓」です。窓際から入口に下がっていくと違った見え方を発見できます。舟越保武のブロンズ像《LOLA 1980》（1980年）が一緒に外を眺めています。

創立者である十二代茂木七左衞門のお気に入りの作品を集めた展示室になります。
展示室中央にある梅原龍三郎《鯛》（1956年）は作家本人から譲り受けたもので、チューブから直接絵具を出して描かれた鯛の活きの良さが伝わってくる躍動感のある作品です。この作品を多くの人に楽しんでもらいたいという思いが、茂木七左衞門にとって美術館設立のきっかけになりました。そのほか、小倉遊亀《古九谷鉢葡萄》（1975年）もお気に入りの作品のひとつで、当館のミュージアム・ショップで扱っているワインのオリジナルラベルにも使われています。
壁面のガラスケースには工芸品を展示していますが、ここは季節ごとに展示替えをして、皆さまにお楽しみいただいています。

ギャラリー１では富士山を描いた様々な作品を展示しています。
天井の窓は富士山と筑波山を結んだ線と並行に切られており「富士山軸」と呼んでいます。この窓のおかげで比較的明るいコーナーです。各作品の山の高さはなるべくそろうように展示されており、壁面には絵と同じ高さに額縁のような窓があります。ここからは庭のサンシュユの木が良く見え、エントランスから見た庭とはまた違った趣をお楽しみいただけます。

ギャラリー２ではヘリコプターから見た情景が描かれた福王寺法林の《ヒマラヤの朝》（1991年)などが展示されています。

浮世絵を展示するために特別にデザインされたスペースで、年5回の展示替えを行っています。毎回テーマに沿った企画となっており、それぞれの作品の絵師、彫師、摺師たちの卓抜した技術を間近で鑑賞いただくことが出来ます。作品の保存のために他のエリアと遮光カーテンで区切られ暗室となっており、入室すると照明がつきます。

タワーの中に入って見上げると月が見えます。美術館の収蔵品に月を描いた作品がたくさんあること、そして建築の設計者である彦坂裕氏の「ツキを呼ぶ」という想いが込められています。このタワーは外から見ると半透明の立方体が設置されており、夜には8つの角のライトが光り輝きます。

白い円柱（コラム）が並ぶ美しい空間で、部屋の中心と稲荷神社の中心が一致して、土地の今昔が精神的につながっています。庭に面した椅子に座ってみると、左右のコラムの効果もあり、眼前の景色を独り占めすることが出来ます。

ゆったりと広がる芝生空間に、シマサルスベリやサンシュユなどシンボル性の強い樹木を配置しています。庭園の芝生を介しコラムコートと稲荷神社が繋がり、さらに柱廊によって表側と空気的な繋がりができています。ランドスケープデザイナー上山良子氏による設計です。
茂木本家住宅の柿渋で塗られた板塀や屋敷林が広がる景色も楽しめます。

茂木本家の稲荷神社です。
江戸時代にはこの場所に茂木本家の醤油蔵があり、職人たちがお参りをしていたといわれています。入って右手にある手水舎の屋根の下には「きつねの嫁入り」が彫られていて、江戸時代の雰囲気を今に伝えています。